明治学院大学大学院は、「キリスト教による人格教育」と学問の自由を基盤として、深奥なる学術の理論および応用を研究教授し、さらに進んで研究指導能力を養い、また、高度で専門的な職業能力を有する深い学識および卓越した能力を培い、もって人類の文化と福祉の増進に貢献することを目的とする。
 修士課程および博士前期課程は、広い視野に立って精深な学識を授け、専攻分野における研究能力または高度の専門性を要する職業等に必要な高度の能力を養うことを目的とする。
 博士後期課程は、専攻分野について、研究者として自立して研究活動を行い、または各種機関などで実践的に活躍できる高度に専門的な業務に従事するに必要な高度の研究能力、応用能力およびその基礎となる豊かな学識を養うことを目的とする。